ЕЦИ партнира с институтите и лабораториите на БАН, с университетите и със сходни на ЕЦИ европейски формирования, както и с Изпълнителната агенция за насърчаване на МСП, Фондация "Приложни изследвания и комуникации", София Тех Парк, Българска стопанска камара, с регионални камари, търговско-промишлени палати, иновационни центрове и хъбове

ЕЦИ е партньор в "Enterprise Europe Network" – най-голямата информационно-консултантска мрежа в Европа, подпомагаща бизнеса и науката в развитието на неговия иновационен потенциал и за повишаване информираността относно политиките на Европейската комисия, насочени към бизнеса и науката. Една от основните дейности на ЕЦИ в „Enterprise Europe Network” е намирането и промотирането на изследователски и технологични разработки и тяхното предлагане в световна електронна платформа, както и подкрепа за създаването на партньорства.

Българска академия на науките
Enterprise Europe Network
Enterprise Europe Network България